臺灣高等檢察署智慧財產檢察分署（原名：臺灣高等法院檢察署智慧財產分署，下稱智財分署），係97年7月1日對應智慧財產法院而設立之二審檢察署，也是目前全國唯一的專業檢察署。

一、智財分署之設置目的係為保障智慧財產權，妥適處理智慧財產案件，促進國家科技與經濟發展。

二、設置依據
1.「智慧財產法院組織法」第5條第1項：智慧財產法院對應設置高等法院檢察署智慧財產分署。
2.行政院97年3月28曰函同意「臺灣高等法院檢察署智慧財產分署」配合司法院「智慧財產法院」於97年7月1日成立。

三、揭牌成立
法務部於96年3月成立智財分署「籌備小組」， 臺灣高等法院檢察署成立「籌備事務小組」，經 過一年多之規畫，於97年7月1日由法務部部長王清峰、司法院院長賴英照及檢察長顏大和共同揭牌，與智慧財產法院同日成立。

四、機關更名去「法院」
為落實「審檢分隸」精神，避免民眾對法官、檢察官職務的混淆，全國檢察機關於107年依司法改革國是會議決議並配合法院組織法修法，將機關名稱刪除「法院」二字。智財分署自同年5月25日起更名為「臺灣高等檢察署智慧財產檢察分署」，由檢察長王添盛主持機關新名稱揭牌儀式。

五、智慧財產法院改制為「智慧財產及商業法院」；「智慧財產法院組織法」改爲「智慧財產及商業法院組織法」

2017年之司法改革會議中，為迅速、專業且妥適處理重大民事商業紛爭，決議另籌設商業法院，並與智財法院合併，改制為「智慧財產及商業法院」。2019年12月17日完成「商業事件審理法」之立法及修正「智慧財產法院組織法」爲「智慧財產及商業法院組織法」， 2020年1月15日公布，同年7月1日施行，並於同日成立「智慧財產及商業法院」 (下稱智商法院)。惟原本由智財法院審理之智慧財產案件部分不變，故不影響高檢署智財分署檢察官對應實行公訴之業務。

六、辦公廳舍

為方便與高檢署之業務聯繫與人員往返，智財分署設立時即在高檢署附近尋覓辦公廳舍。經與國家通訊傳播委員會(NCC)及國有財產局協調後，NCC同意提供其北區監理處大樓五樓，供本署使用。
智財分署舊有辦公室位於博愛特區南緣，在古臺北城之重熙門(小南門)旁。裡頭配置有檢察官及書記官辦公室，訊問室、會議室及閱覽室。107年10月間，因空間配置調整，五樓原有的會議室及訊問室，撥由高檢署刑事偵查資料中心及資料科管理使用。及至108年9月，搬遷至現址，即位於總統府正後方之博一大樓五樓。
由於智慧財產及商業法院位於新北市板橋區，檢察官必須跨行政轄區到新北市實行公訴（訴訟在途期間2日），因而在智慧財產及商業法院內另設有檢察官辦公室，供檢察官於準備蒞庭時使用。