一、轄區
「智慧財產及商業法院組織法」第5條第1項前段規定：「智慧財產及商業法院對應設置高等檢察署智慧財產分署」，第5條第2項規定：「各地方法院及其分院檢察署檢察官辦理第三條第二款及第四款之刑事案件，其直接上級檢察署檢察長為高等檢察署智慧財產分署檢察長」，故高檢署智財分署之土地管轄區域超過高檢署暨其所屬各級檢察署所轄範圍，及於福建金門及連江地區。經地方法院判決而上訴至智商法院智財庭之智慧財產刑事案件，由高檢署智財分署檢察官對應實行二審公訴；各地檢署檢察官所為不起訴或緩起訴處分而再議之案件，由高檢署智財分署審核。
智財分署的地理轄區為全臺灣地區，是各地方檢察署檢察官辦理智慧財產相關刑事案件之直接上級檢察署，故能收專業分工，統一見解之效。

二、事物管轄
智財分署管轄事務包括：(1)刑法§253-255妨害農工商罪、(2)§317-318妨害秘密罪(3)違反商標法、著作權法、營業秘密法、(4)智慧財產案件審理法§35Ⅰ、36Ⅰ違反秘密保持命令罪、(5)與前述案件有相牽連關係的案件，經法院合併裁判，或檢察官合併為不起訴處分者（即牽連案件管轄權）。
牽連案件管轄權豐富了智財分署的案件類型，例如：詐欺（賣仿冒品）、偽造文書（文書上有商標）、妨害風化（色情光碟）、侵占、背信、妨害名譽、妨害電腦使用罪等；又如特別刑法的違反藥事法（藥品上有商標）、違反毒品危害防制條例（有商標的藥品含有管制藥品成分）、違反組織犯罪防制條例（幫派賣盜版光碟）、懲治走私條例（走私仿冒商標或侵害著作權物品），或食品安全或其他民生消費等案件因攙偽或假冒而有產品虛偽標記（刑法§255），因案件牽連關係而歸智財分署管轄。

三、六大業務項目：實行公訴、辦理再議案件、業務督導、教育訓練、法律問題研究、國際及兩岸交流合作

四、智慧財產案件之特色
1.案件質量重
2.專業需求高
3.犯罪型態變化快速
4.跨境犯罪需國際及兩岸司法互助

五、業務職掌–二審公訴與再議案件
智財分署係對應於智慧財產及商業法院而成立，檢察官的主要業務即是於智慧財產及商業法院審理刑事案件時，到庭實行公訴，並於裁判後收受、審核裁判，決定是否提起上訴或抗告。智財分署也是各地方檢察署檢察官辦理智慧財產相關刑事案件之直接上級檢察署，受理各地方檢察署檢察官所為不起訴處分之再議案件。

六、業務職掌–業務督導
智財分署除了督導各地方檢察署之智慧財產業務外，另有「查緝侵害智慧財產權協調督導工作小組」，由檢察長擔任召集人，協調整合經濟部智慧財產局、教育部、國家通訊傳播委員會、財政部關務署、文化部影視及流行音樂產業局、內政部警政署、法務部調查局及各檢察署等單位，從行政措施、犯罪追訴、教育宣導等各面向，解決問題，加強合作，查緝不法，以保障智慧財產權。

七、業務職掌–研究與訓練
辦理或參加國、內外及兩岸有關智慧財產權議題之研討會。
檢察官們赴國外研究歐美智慧財產法制發展與實務運作，提出研究報告。透過研討學習及司法、行政與產業界多方對話，獲取新資訊，兼蓄理論與實務，精進案件之處理。

八、業務職掌–國際及兩岸交流合作
智慧財產案件常有跨境因素，國際及兩岸執法交流合作實屬必要。實務上，以美國與中國大陸為主要的執法合作對象。
臺美間於91年簽署刑事司法互助協定，提供穩定合作之法律基礎；；於106年2月簽署「智慧財產權執法合作備忘錄」，強化合作打擊智慧財產權侵權及貿易詐欺犯罪，並指定智財分署為我方聯絡窗口。107年10月臺美間完成「執行臺美防制數位盜版工作計畫」，加強對境外數位侵權之執法合作。
智財分署經常與外國執法夥伴進行交流；在提出正式的司法互助請求或聯合調查前，做先期討論，交換意見，建立信賴共識，進而協作。與中國大陸之間，除依兩岸協議尋求司法互助外，自108年起大陸檢察機關亦有組團到本署參訪，交流智慧財產保護議題。

九、辦公廳舍
為方便與高檢署之業務聯繫與人員往返，智財分署設立時即在高檢署附近尋覓辦公廳舍。經與國家通訊傳播委員會(NCC)及國有財產局協調後，NCC同意提供其北區監理處大樓五樓，供本署使用。
智財分署舊有辦公室位於博愛特區南緣，在古臺北城之重熙門(小南門)旁。裡頭配置有檢察官及書記官辦公室，訊問室、會議室及閱覽室。107年10月間，因空間配置調整，五樓原有的會議室及訊問室，撥由高檢署刑事偵查資料中心及資料科管理使用。及至108年9月，搬遷至現址，即位於總統府正後方之博一大樓五樓。
由於智慧財產及商業法院位於新北市板橋區，檢察官必須跨行政轄區到新北市實行公訴（訴訟在途期間2日），因而在智慧財產及商業法院內另設有檢察官辦公室，供檢察官於準備蒞庭時使用。

十、智財分署十周年
智財分署於107年設立10週年，特別舉辦「10年回顧與展望」座談會，邀請歷任檢察長，主任檢察官及檢察官回娘家，也邀請相關業務聯繫機關首長、主管與會。會中法務部部長蔡清祥並頒發獎狀給檢察官鍾鳳玲、書記官徐靜遠、張慧玲，感謝他們從智財分署設立以來連續服務十年，並肯定三位的工作表現。

十一、展望─完善保護智慧財產權之檢察職能
臺灣自民國八十年代起，持續面對智慧財產權之國際經貿諮商，已逐步建置保護智慧財產權的法制架構及執法能力。智慧財產檢察分署成立以來，在許多檢察官及同仁們的努力下，其專業能力與成效逐漸明晰呈現。策勵未來，秉持「以更專業的機關來辦理侵害智慧財產權之案件，以落實保障智慧財產權，促進產業發展並提升國家競爭力」之本旨，我們將：(一)與時俱進，提升專業，精緻辦案；（二）追訴不法，調和私權與公益，保障合法權益及商業營運；(三)推展國際交流合作，有效追訴跨境犯罪；(四)充實人員及資源配置，發揮智慧財產檢察的專業職能。