臺灣高等檢察署智慧財產檢察分署（原名：臺灣高等法院檢察署智慧財產分署，下稱智財分署），係97年7月1日對應智慧財產法院而設立之二審檢察署，也是目前全國唯一的專業檢察署。
(我國於109年1月15日制定公布「商業事件審理法」，並修正「智慧財產及商業法院組織法」，於110年7月1日施行，將商業法院併入智慧財產法院，更名為「智慧財產及商業法院」)。

一、智財分署之設置目的係為保障智慧財產權，妥適處理智慧財產案件，促進國家科技與經濟發展。

二、設置依據
1.「智慧財產法院組織法」第5條第1項：智慧財產法院對應設置高等法院檢察署智慧財產分署。
2.行政院97年3月28曰函同意「臺灣高等法院檢察署智慧財產分署」配合司法院「智慧財產法院」於97年7月1日成立。

三、揭牌成立
法務部於96年3月成立智財分署「籌備小組」， 臺灣高等法院檢察署成立「籌備事務小組」，經 過一年多之規畫，於97年7月1日由法務部部長王清峰、司法院院長賴英照及檢察長顏大和共同揭牌，與智慧財產法院同日成立。

四、機關更名去「法院」
為落實「審檢分隸」精神，避免民眾對法官、檢察官職務的混淆，全國檢察機關於107年依司法改革國是會議決議並配合法院組織法修法，將機關名稱刪除「法院」二字。智財分署自同年5月25日起更名為「臺灣高等檢察署智慧財產檢察分署」，由檢察長王添盛主持機關新名稱揭牌儀式。