「智慧財產及商業法院組織法」第5條第1項前段規定：「智慧財產及商業法院對應設置高等檢察署智慧財產分署」，第5條第2項規定：「各地方法院及其分院檢察署檢察官辦理第三條第二款及第四款之刑事案件，其直接上級檢察署檢察長為高等檢察署智慧財產分署檢察長」，故臺灣高等檢察署智慧財產分署(下稱臺高檢署智財分署，或智財分署)之土地管轄區域超過臺灣高檢署暨其所屬各級檢察署所轄範圍，及於福建金門及連江地區。經地方法院判決而上訴至智慧財產及商業法院(下稱智商法院)智慧財產法庭之智慧財產刑事案件，由臺高檢署智財分署檢察官對應實行二審公訴(現已非單純第第二審公訴)；各地檢署檢察官所為不起訴或緩起訴處分而再議之案件，由臺高檢署智財分署審核。

智財分署的地理轄區為全臺灣地區，是各地方檢察署檢察官辦理智慧財產相關刑事案件之直接上級檢察署，故能收專業分工，統一見解之效。