一、修法

智慧財產及商業法院組織法(下稱組織法)部分條文於民國112年4月26日經總統修正公布，智慧財產案件審理法 (下稱智審法) 部分條文於民國 112 年 02月15 日經總統修正公布，均經司法院於112年5月2日以令定自112年8月30日施行。

國家安全法(下稱國安法)於民國111年6月8日經總統修正公布，增訂「侵害國家核心關鍵技術營業秘密罪」(第3條第、1項)與「國家核心關鍵技術營業秘密之域外使用罪」(第3條第2項)；第3條第 3～5 項自112年4月28日施行。第4項規定：「前項所稱國家核心關鍵技術之認定程序及其他應遵行事項之辦法，由國家科學及技術委員會會商有關機關定之。」國家科學及技術委員會(下稱國科會)於112年12月5日公布「國家核心關鍵技術」第一波清單，行政院同步公告，國安法(第3條第1、2項及相關條文)正式施行。

二、智財分署管轄之「智慧財產刑事案件」(依組織法、智審法、國安法的規定)，包括:

(一)刑法第253條、第254條妨害農工商罪(組織法第3條第2 款；刪除原刑法第255條對商品虛偽標記及販賣陳列輸入該商品罪) （組織法第3條第2 款）；
(二)刑法第317條、第318條妨害秘密罪（組織法第3條第2 款）；
(三)違反商標法、著作權法、營業秘密法之罪；（組織法第3 條第2款；含營業秘密法第14條之4違反偵查保密令罪）
(四)犯營業秘密法第13條之1、第13條之2、第13條之3第3項及 第13條之4之罪；（組織法第3條第2款）
(五)犯國安法第8條第1項至第3項之罪；（組織法第3條第2款、國安法第9條第2項）
(六)違反法院核發秘密保持命令罪及其法人處罰；（組織法第3條第2款、智審法第 72條、第73條、）
(七)違反國安營業秘密案件偵保令罪；（國安法第10條、組織法第3條第4款司法院指定之案件）
(八)查證人虛偽查證或洩密罪；（組織法第3條第2款、智審法第74條）
(九)其他依法律規定或司法院指定之案件；（組織法第3條第4款）

以下為相牽連案件管轄權

(十)與由地方法院管轄之組織法第3條第2款、第4款案件有刑事訴訟法第7條第1款所定相牽連關係之其他刑事案件，經地方法院合併裁判，並合併上訴或抗告至二審智慧財產管轄之案件；(智審法第58條第2項、第54條第1項)
(十一)與違反營業秘密法第13條之1、13條之2、13條之3、13條之4之案件有裁判上一罪或刑事訴訟法第7條第1款所定相牽連關係,經檢察官起訴或合併起訴至一審智慧財產法庭管轄之案件(智審法第54條第3項)。
(十二)與國安法第8條第1項至第3項之案件有裁判上一罪或刑事訴訟法第7條第1款所定相牽連關係之案件，經智財分署檢察官偵查起訴或合併起訴由二審智慧財產法庭管轄之案件(國安法第18條第3項)

牽連案件管轄權豐富了智財分署的案件類型，曾發生過之案例，例多：詐欺（賣仿冒品）、偽造文書（文書上有商標）、妨害風化（色情光碟）、侵占、背信、妨害名譽、妨害電腦使用罪等；又如特別刑法的違反藥事法（藥品上有商標）、違反毒品危害防制條例（有商標的藥品含有管制藥品成分）、違反組織犯罪防制條例（幫派賣盜版光碟）、懲治走私條例（走私仿冒商標或侵害著作權物品），或食品安全或其他民生消費等案件因攙偽或假冒而有產品虛偽標記（註：刑法§255已非智慧財產及商業法院管轄之刑事案件），因案件牽連關係而歸智財分署管轄(實行公訴)。