一、偵查及提起公訴
智慧財產刑事案件在組織法、智審法、國安法修法並施行前，智財分署檢察官為辦理再議、實行公訴，雖不排除自行偵查，惟主要的偵查工作係以各地檢署為基礎。
修法並施行後，國安法第8條第1項至第3項之罪之案件，由臺高檢署智財分署檢察官偵查，向智慧財產及商業法院（第二審智慧財產法庭）提起公訴(實行公訴部分後述)。是偵查及提起公訴已成為智財分署主要業務之一。

二、實行公訴
智財分署係為對應智商法院而成立，檢察官的主要業務即是在智商法院智慧財產法庭審理刑事案件時，到庭實行公訴，並於裁判後收受、審核裁判，決定是否提起上訴或抗告。
在組織法、智審法、國安法修法並施行前，檢察官至智商法院智慧財產法庭進行第二審公訴，修法後因智慧財產法庭分為二級(智審法用語為一審、二審)，加以國安營業秘密(國家核心關鍵技術)案件以智商法院為第一審，檢察官實行公訴之對應亦因之多元。

• 一審(第一級)智慧財產法庭之第一審案件
  犯營業秘密法第13條之1、13條之2、13條之3、13條之4之罪以及與之有裁判上一罪及相牽連關係之案件(智審法第54條第2項第1款、第3項)

• 二審(第二級)智慧財產法庭之第二審案件
  1、由地方法院為第一審管轄之上訴案件(智審法第54條第1項、58條第1項、第2項)
  2、由一審智慧財產法庭為第一審管轄之上訴案件

• 二審(第二級)智慧財產法庭之第一審案件
  國安法第8條第1項至第3項之罪以及與之有裁判上一罪及相牽連關係之案件(智審法第54條第2項第2款)

三、辦理再議案件
智財分署是各地方檢察署檢察官辦理智慧財產相關刑事案件之直接上級檢察署，受理各地方檢察署檢察官所為不起訴處分、緩起訴處分之再議案件。處理之結果可為命續行偵查、命令起訴、駁回處分(刑事訴訟法第258條)。

四、業務督導與協調
臺高檢署智財分署對於各地檢署辦理智慧財產案件，依刑事訴訟法規定上級檢察署之權責及本於「檢察一體」原則進行督導。透過再議案件之審查，定期之業務檢查，或與承辦檢察官討論案情及提供辦案協助等方式，慎求周妥偵查及追訴標準一致，以提昇檢察機關辦理智慧財產案件之品質與效率。
對於跨不同地檢署轄區之犯罪行為，或案情複雜、危害重大之案件，智財分署也發揮統合協調檢警辦案團隊的功能。例如智財分署聯繫各地檢署、刑事警察局及保二總隊同步在數縣市所為之「數位機上盒非法訊源」掃蕩查緝。
除了檢察體系內部督導之外，高檢署智財分署設有「查緝侵害智慧財產權協調督導工作小組」，由檢察長擔任召集人，協調整合經濟部智慧財產局、教育部、國家通訊傳播委員會、財政部關務署、內政部警政署、法務部調查局及各檢察署等單位等，從行政措施、犯罪追訴、教育宣導等各面向，解決問題，查緝不法，加強各機關間之執法合作，以保障智慧財產權。

五、教育訓練與研究
智慧財產案件具有高度專業性、商業性以及國際性，又新型態之侵害智慧財產權犯罪層出不窮，法律時常修訂、法學見解不斷變化發展，為讓所有辦理智慧產案件之檢察官、檢察事務官及司法警察，能精進辦案技巧，妥適執法，正確適用法律，掌握法院見解與理論發展，並使追訴標準能趨一致，臺高檢署智財分署訂定了「智慧財產權刑事案件之具體求刑參考標準」、「機上盒執行標準」；也參與「營業秘密法」修法過程中之討論及協助法務部訂頒「檢察機關辦理違反營業秘密法案件注意事項」等。此外，擬定「辦理智慧財產案件研習計畫」，針對檢警辦案人員設計教育訓練課程，提點執法人員應參考注意之事項，分享辦案經驗。
智財分署也辦理或參加國際及兩岸有關智慧財產權議題之研討會。爲就營業秘密保護及數位侵權防制與國際接軌，強化夥伴關係並分享專業知能，2020年、2021年在臺美日「全球合作暨訓練架構」（Global Cooperation and Training Framework, GCTF）下，由外交部、高檢署、美國在台協會（AIT）及日本臺灣交流協會(JTEA)共同主辦，智財分署規劃執行，辦理線上國際研討會，每年均有20多個國家100多位專家及執法人員參與研討，分享專業知能。另一方面，也針對營業秘密保護課題，由檢察長率同檢察官多次與產業界進行法律宣導座談；透過司法、行政與產業界多方對話，獲取新資訊，兼蓄理論與實務，厚實辦案智能。

六、國際及兩岸交流合作
智慧財產案件常有跨境涉外因素。實務案件中，時有受侵害的企業、相關行為人及犯罪行為地等因素，與美、日、歐洲等國家及大陸地區有關，為能經由境外調查取證而有效追訴犯罪，國際及兩岸執法交流合作實屬必要。
對於境外執法合作方式，可透過司法互助協定或個案協商，以獲得調查取證之協助或進行聯合偵查。高檢署智財分署常與其他執法夥伴進行業務交流或工作會談；在個案提出正式的司法互助請求或聯合執法前，常有先期的討論，建立信賴共識，進而合作。
我國與美國之間，除了2002年簽署生效之「臺美刑事司法互助協定」，提供雙方進行司法互助之法律基礎外，為強化合作打擊侵害智慧財產權及貿易詐欺犯罪，於2017年間又簽署「駐美國臺北經濟文化代表處與美國在台協會智慧財產權執法合作備忘錄」，並指定高檢署智財分署為我方聯絡窗口；2018年間復共同完成「執行臺美防制數位盜版工作計畫」，加強對境外數位侵權之執法合作。
兩岸之間，於2009年4月26日簽署「海峽兩岸共同打擊犯罪及司法互助協議」，同年6月25日生效；2010年6月29日簽署「海峽兩岸智慧財產權保護合作協議」，同年9月12日生效；作爲兩岸合作打擊犯罪及保障智慧財產權之法律基礎。2019年大陸檢察機關亦首次組團參訪臺高檢署智財分署，交流智慧財產保護議題。